对经审查不符合规定的，企业登记机关责令企业限期改正，符合规定后，在营业执照副本上再加盖年检戳记、发还营业执照；对应当依法办理变更登记并涉及营业执照记载事项改变的，应先办理变更登记后，在新的营业执照副本上加盖年检戳记。
企业不按照规定接受营业执照年检的，由企业登记机关责令其限期接受年度检验。属于公司的，并处以1万元以上10万元以下的罚款。属于分公司、非公司企业法人及其分支机构、来华从事经营活动的外国（地区）企业，以及其他经营单位的，并处以3万元以下的罚款。属于合伙企业、个人独资企业及其分支机构的，并处以3000元以下的罚款。
企业在责令的期限内未接受年检的，由企业登记机关予以公告。自公告发布之日起，60日内仍未接受年检的，依法吊销营业执照。
《企业年度检验办法》第四条规定：企业应当对其提交的年检材料的真实性负责。
企业在营业执照年检中隐瞒真实情况、弄虚作假，企业登记机关应当责令限期改正。属于公司的，并处以1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，吊销营业执照。属于分公司、非公司企业法人及其分支机构、来华从事经营活动的外国（地区）企业，以及其他经营单位的，并处以3万元以下的罚款。属于合伙企业、个人独资企业及其分支机构的，处以3000元以下罚款。　　
企业登记机关通过年检，发现企业有违反企业登记管理规定行为的，除责令改正外还可以依照有关企业登记管理规定予以处罚